Přeskočit na obsah

Nová metoda značení DNA bází pro sekvenování

Mezinárodní vědecký tým vedený prof. Ing. Michalem Hockem, CSc., DSc., z Ústavu organické chemie a biochemie AV ČR a Univerzity Karlovy a Ciarou K. O'Sullivan, PhD, jež působí jako research professor ve španělské Universitat Rovira i Virgili, vyvinul novou metodu značení DNA, kterou bude možné využít pro sekvenování DNA pomocí elektrochemické detekce. Výsledky své práce publikovali výzkumníci v prestižním časopise Journal of American Chemical Society.

I přes velký pokrok v metodách sekvenování DNA, které jsou většinou založeny na fluorescenčním značení nukleotidů, jsou tyto techniky však stále časově náročné, relativně drahé a mají některá další omezení. Proto se intenzivně hledají nové možnosti, jak sekvenování zjednodušit a urychlit.

Jedním z nadějných přístupů se zdá být využití elektrochemické detekce a tzv. redoxních značek – připojených sloučenin, které lze oxidovat nebo redukovat na elektrodách. Mezinárodnímu týmu, do něhož patří také výzkumníci z Přírodovědecké fakulty UK, Polské akademie věd a Biofyzikálního ústavu AV ČR, se nyní podařilo navrhnout a syntetizovat umělé nukleotidy, na nichž jsou přivěšeny redoxní značky, konkrétně karborany (klecovité struktury vytvořené z atomů boru a uhlíku), jež lze oxidovat na zlaté nebo uhlíkové elektrodě při specifickém potenciálu a které poskytují měřitelný a analyticky využitelný signál.

Nově upravené nukleotidy byly designovány tak, aby je enzym DNA polymeráza začlenil do nově vytvářeného vlákna DNA. Díky tomu, že každý z nich nese vlastní značku projevující se v elektrochemické detekci specifickým signálem oxidace při různém potenciálu, je možné jednotlivé typy nukleotidů odlišit. Velikost každého signálu je navíc závislá na počtu kopií daného nukleotidu v DNA, což umožňuje také rychle určit jeho poměrné zastoupení.

Nově vyvinuté elektrochemické kódování DNA bází přináší řadu výhod, mj. jednodušší a levnější instrumentaci či vyšší rychlost analýzy. Metodika může najít uplatnění při sekvenování DNA, v diagnostice či při vývoji nových DNA čipů.

Zdroj: MT

Sdílejte článek

Doporučené

Nejen ukolébavky

7. 12. 2021

Na svět ročně přichází asi 15 milionů předčasně narozených dětí. Různou, někdy dlouhou dobu žijí na novorozeneckých jednotkách intenzivní péče.…

Krátce

7. 12. 2021

Co je nového u nealkoholické steatohepatitidy? Vzhledem k rostoucímu významu nealkoholického ztukovatění jater (NAFLD) a jeho zánětlivých projevů …

Dum spiro, spero…

7. 12. 2021

Jeden kongres, jedno sympozium, ale hned dvě témata – jednak CHOPN, jednak deprese. To, co je spojuje, jsou třeba smutná čísla ze statistik. Podle…