První rok Centra precizní medicíny v Brně: dosavadní úspěchy, výzvy a plány do budoucna

„Naším dlouhodobým cílem je, aby se precizní medicína v České republice stala dostupnou a systematicky integrovanou součástí zdravotní péče,“ říká u příležitosti zhodnocení prvního roku existence Centra precizní medicíny (CPM) FN Brno jeho vedoucí prof. RNDr. Ondřej Slabý, Ph.D., který zároveň působí jako přednosta Biologického ústavu LF MU a jehož výzkumná skupina je součástí CEITEC MU a Národního ústavu pro výzkum rakoviny. V CPM, které je u nás svou komplexností unikátní, se za uplynulý rok věnovali stovkám dospělých se solidními nádory v pokročilém stadiu, desítkám dětských onkologických pacientů či stovkám dětských pacientů bez diagnózy.

• Daří se podle vás implementace precizní medicíny do tuzemské klinické praxe? Jsou na ni odborná veřejnost, zdravotnická zařízení, systém, pacienti… připraveni?

Věřím, že ano. Na úrovni precizní onkologie určitě. Díky péči odborných společností – Společnosti českých patologů ČLS JEP a České onkologické společnost ČLS JEP – máme dobře nastaveny úhrady pro komplexní genomové profilování nádorů a dobrou dostupnost inovativních protinádorových léčiv. To je nezbytná podmínka pro existenci precizní onkologie. Jak těchto možností lékaři v různých centrech využívají, je už jiná otázka. Testuje se podle mě dostatečně, liší se míra, s jakou jsou nálezy reálně využívány v léčbě. Zde bych si troufl tvrdit, že v našem centru lékaři dělají maximum, aby molekulární nálezy implementovali do péče, i když to pro ně představuje enormní administrativní, ale také komunikační zátěž. Vzhledem k tomu, že souhlasná stanoviska na žádosti přes paragraf 16 dnes dosahují více než 80 procent, má toto snažení určitě smysl.

Co se týká precizní medicíny u vzácných onemocnění, jsme zatím stále jediným centrem, které má specializované pracoviště pro dětské pacienty bez diagnózy, kteří k nám přicházejí z celé republiky.

• Jak byste zhodnotil první rok fungování CPM?

Snad mohu říci, že byl úspěšný. Nejenže se podařilo realizovat řadu projektů, ale především jsme nabídli péči stovkám pacientů. V oblasti precizní onkologie dospělého věku jsme nedávno publikovali první data z reálné klinické praxe v ČR, kde jsme hodnotili přínos precizní onkologie u více než 550 pacientů. Z hlediska diagnostické výtěžnosti, procenta léčených pacientů, ale také klinického benefitu se nám podařilo dosáhnout horních hranic toho, co bylo publikováno velkoobjemovými centry v západní Evropě nebo USA. Zatím jsme u nás jediným centrem, které má své vlastní výsledky péče v této oblasti vyhodnoceny a publikovány.

Na program pro precizní onkologii dětského věku, který je náš nejstarší a prošly jím již stovky dětí s pokročilými solidními nádory, jsme úspěšně navázali i v uplynulém roce. Významně se rozvíjel program pro dětské pacienty bez diagnózy, kde se oproti předchozím letům díky našemu centru ztrojnásobil počet vyšetřených dětí. Ve spolupráci s centrem excelence CREATIC LF MU se chystáme v následujících týdnech spustit klinický registr ROADS, který do budoucna umožní zmapovat diagnostickou odyseu pacientů se vzácnými chorobami v ČR. Založili jsme Kompas, nadační fond pro precizní medicínu, který již začíná pomáhat konkrétním jedincům a zlepšovat prostředí pro onkologické pacienty léčené ve FN Brno. Centrum a nadační fond také pomáhají skupině úžasných maminek založit pacientskou organizaci pro dětské pacienty bez diagnózy a jejich rodiny. Obrovskou radost mi udělal a stále dělá náš projekt BabyFox.

• Mohl byste připomenout, na co je tento projekt zaměřen a zda už má nějaké průběžné výsledky?

Primárním cílem projektu BabyFox je získávat u pacientů s podezřením na geneticky podmíněné onemocnění, kteří jsou hospitalizováni na novorozeneckých a pediatrických jednotkách intenzivní péče, výsledky celogenomového sekvenování (WGS) v co nejkratší době, nejpozději do sedmi dnů. Říkáme tomu potom rapidní WGS (rWGS). Český projekt BabyFox, koordinovaný naším centrem, má v současnosti zapojeno pět dalších center – FN Motol, VFN v Praze, FN Hradec Králové, FN Ostrava a FN Olomouc.

Dosud bylo vyšetřeno 46 dětí z celé republiky s diagnostickou výtěžností 44 procent a přímým dopadem do péče u téměř 60 procent z nich. Ve všech případech jsme byli schopni uvolnit výsledkový protokol do sedmi dní od odběru krve, a to včetně logistiky z jiných pracovišť v ČR. V tomto ohledu hraje v našem týmu zcela zásadní roli kolegyně Mgr. Petra Pokorná, která provádí interpretaci WGS dat a připravuje výsledkové protokoly. Díky podpoře společnosti Illumina, která projekt od počátku sponzoruje, se podařilo zajistit financování pro dalších 60 pacientů v roce 2026. Studie tak celkově zahrne 120 dětí a jejich rodičů, tedy stejný počet jako ve studii BabyBambi, jejíž výsledky se staly podkladem pro zajištění úhrad a rutinní implementaci rWGS do klinické praxe v Izraeli.

• Naznačil jste, čím vám CPM udělalo radost – co bylo ale naopak nejnáročnější?

Nejnáročnější je dlouhodobě zajistit časové kapacity spolupracujících lékařů. Precizní medicína vyžaduje obrovskou časovou dotaci na každého jednotlivého pacienta, a to obvykle rutinní provoz lékařům neumožňuje. Na tyto časové dotace ani neexistují příslušné výkony v úhradovém systému, aby se využitý čas lékařů zdravotnickému zařízení vrátil v podobě úhrad. To je určitě výzva do budoucna. V této chvíli se díky podpoře vedení FN Brno podařilo zajistit personální kapacity pro jednotlivé spolupracující kliniky, aby klíčoví lékaři programů CPM měli více časového prostoru pro implementaci precizní medicíny. To je pro naše centrum stěžejní, ale určitě se nejedná z dlouhodobého hlediska o ideální řešení.

• Pojďme k prvnímu ze tří hlavních programů vašeho centra – a tím je precizní onkologie pro dospělé. Kterých onkologicky nemocných se typicky týká?

Precizní onkologie je v této chvíli omezena na pacienty s pokročilou nádorovou chorobou a na ty, kteří už vyčerpali či se blíží vyčerpání standardních léčebných možností. Každý pacient přitom musí projít přes multioborovou komisi, molekulární tumor board, jehož předsedou je doktor Michal Eid. Komise pak na základě posouzení pacienta indikuje molekulární testování. Kromě pokročilosti choroby je důležitý i klinický stav nebo také variabilní diagnostická výtěžnost precizní onkologie u různých typů nádorů. Například u karcinomů prsu, plic, střeva či gynekologických nádorů je výtěžnost vysoká a velkému množství pacientů jsme na základě vyšetření schopni doporučit individuální léčebný plán. To znamená, že mohou zahájit léčbu. Naproti tomu třeba u sarkomů nebo nádorů centrální nervové soustavy je výtěžnost nízká.

• Jaké máte zkušenosti s precizní onkologií u pediatrických pacientů se solidními nádory?

Jak jsem již zmínil, program pro precizní onkologii dětského věku je náš nejstarší. Na Klinice dětské onkologie LF MU a FN Brno běží pod vedením profesora Jaroslava Štěrby již více než 12 let a prošlo jím přes 600 dětí s pokročilými solidními nádory. Tento program jsme zahájili jako první v celém regionu střední a východní Evropy a dodnes k nám své pacienty referují lékaři z Rakouska, Maďarska, Slovinska a dalších zemí. Ještě letos budeme v oblasti precizní medicíny v dětské onkologii spouštět rozšířený program testování, díky němuž bude u všech dětí prováděno somatické celogenomové a transkriptomové sekvenování. V současnosti diskutujeme zajištění podpory ze strany průmyslových partnerů, podobně jako se nám to povedlo v případě studie BabyFox.

• Tím se tedy dostáváme k programu pro vzácná onemocnění u dětí. Co se již podařilo v této oblasti?

Program, jehož hlavní vedoucí je doktorka Kateřina Slabá, má dvě základní složky – Ambulanci pro dětské pacienty bez diagnózy na Pediatrické klinice LF MU a FN Brno a multioborovou indikační komisi pro tyto pacienty. Obě jsou svým zaměřením v Česku jedinečné. Do programu přicházejí rodiny s dětmi na svých často dlouhých diagnostických odyseách z celé republiky. Doposud bylo konzultováno a vyšetřeno téměř 300 dětí, přičemž u více než 40 procent z nich se podařilo diagnózu stanovit.

• Co dětským pacientům bez diagnózy v CPM nabízíte nad rámec standardních vyšetření prováděných na pracovištích klinické genetiky?

U dětí s negativním výsledkem celoexomového sekvenování, což je v současnosti nejkomplexnější genetické vyšetření hrazené naším zdravotním systémem, využíváme v rámci výzkumných projektů také celogenomové sekvenování, nově sekvenování s dlouhým čtením, analýzu transkriptomu či methylomu. Provádíme i funkční analýzy k experimentálnímu ověření variant neznámého významu. Nejde však pouze o samotné genomové testování, ještě důležitější je nastavení dlouhodobé multioborové péče, zejména pro přibližně polovinu pacientů, u nichž se diagnózu nepodaří stanovit a kteří zůstávají v dispenzarizaci naší ambulance. Snahy o určení diagnózy přitom nikdy nekončí – genomy každoročně přehodnocujeme, průběžně se objevují nové patogenní varianty a využíváme také matchmaking v nástrojích, jako je PhenomCentral.

Současně s tím vyvíjíme drug repurposingovou platformu, abychom posunuli naše úsilí od precizní diagnostiky také k precizní léčbě s využitím léků, které jsou okamžitě dostupné. Podobný projekt zatím běží pouze na Mayo Clinic v USA a jmenuje se Baby Force. O tuto část projektu v našem týmu pečuje doktorka Kamila Říhová. Spolupracujeme se špičkovými bioinformatiky a odborníky na molekulární modelování, například s týmem profesora Jiřího Damborského z Přírodovědecké fakulty MU, který se podílí na AI‑based drug repurposingu. Program má tedy velmi široký záběr a přímou vazbu na výzkumné aktivity naší skupiny na Biologickém ústavu a ­CREATIC LF MU a ­CEITEC MU.

• Uvedl jste, že CPM nabídlo péči již stovkám pacientů. Jakým způsobem se k vám dostávají a je potřeba pracovat na jejich edukaci?

Vedeme databázi pacientů, kteří se na nás obracejí z celé republiky prostřednictvím kontaktního formuláře na webových stránkách našeho centra. V současnosti evidujeme přibližně tři sta záznamů. Jedná se o poměrně unikátní průřezovou kohortu, která odráží dostupnost precizní onkologie v jednotlivých regionech. Data nyní vyhodnocujeme. Nesledujeme jednotlivá pracoviště, ale celé regiony. Zajímáme se také o to, jak jsou pacienti schopni sami komunikovat svoji chorobu, zda se na nás obracejí přímo nebo prostřednictvím rodinných příslušníků, jak poptávka po vyšetření v CPM reaguje na mediální články o naší činnosti, s jakými diagnózami se na nás obracejí, a samozřejmě i o to, kolik z nich bylo nakonec pozváno a kolik odešlo s doporučením individualizované léčby.

Tato kohorta pacientů zatím spíše naznačuje, že ekvita v dostupnosti precizní onkologie dospělých v Česku není dostatečná. Určitě je třeba pracovat na edukaci pacientů. Je důležité, aby problematiku precizní onkologie v rámci svojí léčby se svými ošetřujícími lékaři aktivně komunikovali. I proto jsme navázali jako centrum spolupráci s řadou pacientských organizací, například Hlas onkologických pacientů nebo ČAVO.

• Jaký přínos tato spolupráce má pro pacienty i pro centrum samotné?

Zatím jsme na počátku, nicméně obecným cílem je šířit povědomí o možnostech precizní medicíny mezi příslušnými skupinami pacientů. Odborníci z našeho centra by se proto měli aktivně účastnit akcí pořádaných pacientskými organizacemi a představovat využití precizní medicíny jak v onkologii, tak u vzácných onemocnění. Zároveň chceme pacientské organizace více zapojovat do našich výzkumných aktivit, zejména při formulování potřeb z pohledu pacientů. Vzhledem k tomu, že podle nových pravidel Agentury pro zdravotnický výzkum ČR mohou být pacientské organizace příjemci účelové grantové podpory, je tato spolupráce stále aktuálnější.

• Zavedli jste během prvního roku fungování CPM nějaké nové technologie?

Hned několik. Zprovoznili jsme dva nové sekvenátory v Laboratoři molekulární patologie na Ústavu patologie LF MU a FN Brno, kde provádíme komplexní genomové profilování nádorů pro účely precizní onkologie. Daleko důležitější jsou ovšem nové bioinformatické nástroje, které využíváme pro analýzu a interpretaci sekvenačních dat. Jedná se o nástroj Illumina Connected Insights (ICI), který nás oproti historickému postupu posouvá významně dále. Zároveň spolupracujeme s výrobcem na zdokonalování ICI, takže máme velice dobré podmínky. Pro naše nediagnostikované dětské pacienty pak máme k dispozici výborný nástroj Emedgene na interpretaci dat z celogenomového sekvenování.

• Plánujete další rozvoj technologického zázemí? Budete investovat např. do rozšíření kapacit sekvenace nebo integrace dalších ‑omických dat?

V následujících týdnech bude v centru excelence CREATIC LF MU otevřena laboratoř pokročilé genomiky, pro kterou budeme spravovat technologie umožňující tzv. sekvenování s dlouhými ready – konkrétně přístroj ONT PromethION 2 integrated a přístroj PacBio Revio, který budeme mít jako jediné centrum v ČR přímo k dispozici. Tyto přístroje umějí detekovat velké a komplexní genomové varianty, změny na úrovní repetitivních oblastí, ale také metylaci DNA. U nediagnostikovaných pacientů zvyšují diagnostickou výtěžnost typicky o cca 10 procent oproti standardnímu celogenomovému sekvenování pomocí NGS.

• Vaše centrum navázalo řadu spoluprací či partnerství s výzkumnými institucemi. Vnímáte CPM jako most mezi klinickou medicínou a biomedicínským výzkumem?

Spolupráce s výzkumnými institucemi je pro naše centrum naprosto klíčová. Ve všem, co děláme pro lékaře a pacienty, se snažíme jít za hranice aktuálních standardů péče – „beyond state of the art“, což je možné pouze v prostředí úzce propojeném s výzkumem. CPM je proto pevně spjato s řadou výzkumných týmů a center v ČR i zahraničí, včetně průmyslových partnerů. Mezi nejvýznamnější patří LF MU, CEITEC MU či centrum excelence CREATIC, v oblasti průmyslu pak zejména společnosti Roche a Illumina. Se všemi jsme spolupráci formalizovali prostřednictvím memorand, která jsou oboustranně výhodná. Aktivně spolupracujeme také s velkými výzkumnými infrastrukturami, například CZECRIN. Věřím tedy, že naše centrum představuje pomyslný most mezi biomedicínským výzkumem a klinickou medicínou.

• Nedávno jste podepsali memorandum o spolupráci také s Národním ústavem pro výzkum rakoviny (NÚVR). Co si slibujete od této spolupráce?

NÚVR sdružuje pod jednu střechu to nejlepší z onkologického výzkumu v ČR, od základního až po klinický. Doufáme proto, že úzká spolupráce a napojení na výzkumné týmy tohoto konsorcia umožní našemu centru podílet se na řadě společných projektů a zároveň nabídnout vědkyním a vědcům NÚVR platformu pro efektivní translaci jejich poznatků do klinické praxe.

• Vaše centrum začíná být aktivní také na mezinárodní úrovni. Zahájili jste spolupráci s největším mezinárodním konsorciem pro personalizovanou medicínu IC PerMed. V čem spočívá?

Byli jsme osloveni, abychom představili naše centrum a popsali situaci v Česku. Na konci listopadu nás pak čeká mezinárodní konference tohoto konsorcia společně s evropským partnerstvím PerMed, na jejíž organizaci se podílíme a která se uskuteční v Praze. Součástí bude také dvoudenní „on‑site visit“ vedení konsorcia IC PerMed a zástupců evropského partnerství PerMed v Brně, kde budeme mít příležitost detailně představit naše centrum i výzkumné programy. Minulý rok se konference konala ve Švédsku a návštěva vedení proběhla v Precision Medicine Center Karolinska v Karolinska Institutet ve Stockholmu. O to větší ctí je pro nás skutečnost, že tato návštěva proběhne právě v našem brněnském centru.

• Jednou z ambicí CPM je rozšiřovat vzdělávací aktivity v problematice precizní medicíny. Jak se to daří?

V této oblasti je jistě možné udělat ještě více. Zatím komunikujeme především směrem k široké veřejnosti. Připravili jsme edukační videa vysvětlující základní principy precizní medicíny v různých oblastech, pořádáme odborné semináře a prezentujeme konkrétní příběhy pacientů, jejichž léčba byla zásadně ovlivněna právě díky možnostem precizní medicíny. To je velmi důležité i pro další pacienty. V příštím roce plánujeme otevřít kursy Precizní medicína a Precizní medicína – kazuistický seminář pro pregraduální i postgraduální studenty LF MU.

• Má ČR dostatek odborníků pro zajištění precizní medicíny? Bude precizní medicína vyžadovat implementaci do pregraduálního, resp. celoživotního vzdělávání?

To je složitá otázka, protože precizní medicína prostupuje všemi medicínskými obory. V pregraduálním vzdělávání jsme schopni alespoň na naší lékařské a přírodovědecké fakultě toto vzdělávání zajistit vlastními silami. V postgraduálním, resp. specializačním vzdělávání je však důležité, aby byla precizní medicíně věnována potřebná pozornost, například v onkologii na úrovni precizní onkologie či v pediatrii v diagnostice vzácných a ultravzácných chorob. V klinické genetice pak v rámci specializačního vzdělávání pro přírodovědce zcela chybí oblast somatické genetiky, která je přitom nezbytná pro komplexní genomové profilování nádorů a prediktivní testování. Samostatný specializační program by zřejmě nebyl účelný, ale nástavbové vzdělávání v nejvíce exponovaných oborech by smysl dávalo určitě.

• Při květnové minikonferenci jste naznačili strategické směry dalšího rozvoje. Jaké jsou priority CPM pro nejbližší roky?

Nepochybně je to další rozvoj technologického zázemí, zejména integrace multiomických dat a pokročilých bioinformatických a AI nástrojů do klinické praxe. V oblasti vzácných onemocnění je pro nás klíčový další vývoj naší drug repurposingové platformy.

Ještě v průběhu roku 2025 bude ve spolupráci s Klinikou dětské neurologie LF MU a FN Brno a docentkou Pavlínou Danhofer otevřen nový, již pátý program CPM, zaměřený na diagnostiku a léčbu tzv. DMO mimics a extrapyramidových poruch. Chceme také posílit vzdělávací aktivity v oblasti precizní medicíny, a to jak v pregraduálním a postgraduálním vzdělávání, tak i směrem k odborné veřejnosti a pacientům. Zásadní je pro nás rovněž prohlubování spolupráce s pacientskými organizacemi, posílení vazeb s výzkumnými institucemi a průmyslovými partnery a pokračování v mezinárodních aktivitách. Naším dlouhodobým cílem potom je, aby se precizní medicína stala dostupnou a systematicky integrovanou součástí zdravotní péče v ČR.